Nebst 3 Bahnlinien betreiben die CJ auch noch 5 Buslinien. Für diese 5 Buslinien, evtl. könnten es auch mehr werden, da der Kanton Jura im Zuge des Postauto-Skandals sämtliche Buslinien ausgeschrieben hat, sind die Fahrzeuge an mehreren Standorten garagiert. Zum Teil liegen diese Einstellplätze aber auch im Kanton Bern, weshalb ein Teil der Flotte aus steuertechnischen Gründen ein Berner Kennzeichen trägt.
